Муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования «Центр дополнительного образования детей «Подлеморье» образован в 1994 году как эколого-туристическая станция, основным направлением деятельности которой был туризм и экологическое образование через практическую природоохранную деятельность.

Основателем и первым директором центра была Вера Ивановна Тюрюханова. Благодаря высокому профессионализму, Вере Ивановне удалось создать сплочённую команду профессионалов, знающих своё дело, любящих детей и свою профессию. Большинство из них работает в центре и сегодня.

Немалую роль в развитии центра сыграл Забайкальский национальный парк. При поддержке парка проводился первый полевой экологический лагерь, специалисты парка участвовали в разработке и проведении образовательных программ, в реализации природоохранных проектов.

В 1997 г. станция была реорганизована в самостоятельную организацию – Центр детского экологического образования «Подлеморье», который значительно расширил границы своей деятельности. В это время появились новые объединения естественнонаучной направленности, такие как «Лесная школа», «Байкаловедение», «Экология посёлка». Организация учебно-исследовательской, проектной, практической природоохранной деятельности по экологическому образованию становится приоритетным направлением деятельности центра.

В целях реализации Федерального закона от 08.05.2010 года № 83- ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных учреждений)» учреждение приобрело статус муниципального бюджетного учреждения дополнительного образования детей. В связи с расширением направлений в реализации дополнительных общеобразовательных программ, было изменено наименование учреждения и экоцентр стал «Центром дополнительного образования детей «Подлеморье» (Постановление Администрации МО "Баргузинский район" № 1114 от 19.12.2011 г.).

В целях оптимизации сети образовательных учреждений Баргузинского района в сентябре 2014 г. к центру был присоединён Усть-Баргузинский дом детского творчества /Приказ МКУ "Управление образования администрации МО "Баргузинский район № 174 от 02.09.2014 г./., педагогический коллектив увеличился, появились новые объединения художественной направленности.

В связи с приведением образовательной деятельности в соответствие с Федеральным законом от 29.12.2012 г. № 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей "Центр дополнительного образования детей "Подлеморье" в феврале 2016 г. был переименован в муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования "Центр дополнительного образования детей "Подлеморье" (краткое название: МБУДО "Центр дополнительного образования детей "Подлеморье"), был принят и утверждён новый Устав (Постановление Администрации муниципального образования "Баргузинский район" № 95 от 24.02.2016 г.).